Durante este mismo período, Palmer se vio envuelto en el incidente más polémico de su carrera como ufólogo: el engaño de la isla Maury. Dos hombres, Harold Dahl y Fred Crisman, afirmaron haber visto una bandada de platillos voladores mientras navegaban cerca de la isla Maury, cerca de Tacoma, Washington, en junio de 1947. Se pusieron en contacto con Palmer, quien envió nada menos que a Kenneth Arnold a investigar. Arnold consideró que el asunto era demasiado grande para él, por lo que se puso en contacto con la Fuerza Aérea. Se envió a dos oficiales de inteligencia a entrevistar a Crisman y Dahl. En su vuelo de regreso, su avión se estrelló y ambos fallecieron.

Una investigación del accidente no encontró nada fuera de lo común y concluyó que todo el incidente de la isla Maury había sido un engaño. La investigación también concluyó que Palmer, de hecho, había alentado el engaño y era, al menos indirectamente, responsable de la muerte de los dos oficiales. Palmer le dio una interpretación diferente al incidente. Insinuó de manera sombría que había algún tipo de «encubrimiento» y «conspiración», y dijo que no quería «más sangre en sus manos». Esta fue la primera o una de las primeras veces que el tema de la «conspiración del silencio» se introdujo en el pensamiento ufológico.

The Mammoth Encyclopedia of Extraterrestrial Encounters, Compiled and Edited by Ronald D. Story, Constable & Robinson Ltd., London, 2001. pp. 672-673